按照北京市水务局、北京市财政局、北京市环境保护局联合印发的《北京市农村污水处理和再生水利用设施运营考核暂行办法》，本市对农村污水处理和再生水利用设施考核实行考核清单制度。未纳入清单的设施不计入水环境区域补偿考核和运营经费补贴核算。
(一)新建、改建和扩建的设施，应当建设在线监测装置，在接入市、区两级排水信息化监管系统后，由区水行政主管部门报市水行政主管部门，经核实批准后纳入考核清单。
(二)现有设施由区水行政主管部门报市水行政主管部门，经核实批准后纳入考核清单，并在2018年6月底前安装在线监测装置，接入市、区两级排水信息化监管系统。逾期仍未完成的污水处理和再生水利用设施，暂停运营经费补贴。
在线监测装置应当简便可靠、便于维护。水量监测装置应当安装在污水处理和再生水利用设施的进水端，水质监测装置应当安装在出水端。
(一)日处理规模500立方米及以上的，需安装水量、浊度、PH值、总电耗及重点设备运行状态在线监测装置。
(二)日处理规模500立方米以下的，需安装水量、总电耗在线监测装置。
(三)通过城带村、镇带村等方式处理的农村污水应当单独计量，并安装水量在线监测装置。
市水行政主管部门负责核定各区纳入考核清单的污水处理量。
(一)在线监测装置以及污水处理和再生水利用设施均正常运行的，依据在线监测数据值和各区水行政主管部门报送的污水处理情况确定污水处理量。
(二)在线监测装置或者污水处理和再生水利用设施不正常运行的，仅计算正常运行期间的污水处理量；水质监测不合格的，不合格期间按50%计算污水处理量。
(三)在线监测装置安装运行前，区水行政主管部门应当根据运营单位的运行记录等确定污水处理量，市水行政主管部门将视情况核定污水处理量；无原始处理水量记录的，原则上不予核定污水处理量。
市级财政对生态涵养区农村污水处理和再生水利用设施运营经费给予70%的补贴，城市发展新区为60%，城市功能拓展区为50%，补贴基数为3元/立方米，不足部分由本区财政统筹解决。
区水行政主管部门应当每月统计、汇总本区农村污水处理量，每季度第一个月10日前将上季度处理情况报市水行政主管部门。市水行政主管部门于当年8月31日前将各区市级运营补贴资金核定情况报市财政部门。市财政部门每年10月31日前将市级运营补贴资金转移支付到各区财政部门。拨付资金年度起止时间为上年7月1日至当年6月30日。