2016年12月28日，市政府印發了《北京市“十三五”時期環境保護和生態建設規劃》(下稱《規劃》)。“十三五”期間，北京市將圍繞首都城市戰略定位和京津冀協同發展，落實國家《“十三五”生態環境保護規劃》，聚焦大氣、水、土壤污染防治三個重點，全面推進環境污染防治，推進形成綠色發展格局，持續加強環境風險防控，努力提升環境治理能力。
根據《規劃》，到2020年，主要污染物排放總量持續削減，大氣和水環境品質明顯改善，土壤環境品質總體清潔，生態環境品質保持良好，環境安全得到有效保障。主要指標為：
環境品質指標。空氣中PM2.5年均濃度比2015年下降30%左右，降至56微克/立方米左右；達到或好於Ⅲ類水體比例穩定在24.0%，劣V類水體比例下降到28.0%。
污染物排放總量指標。與2015年相比，全市二氧化硫、氮氧化物和揮發性有機物排放總量分別減少30%、20%和20%以上；化學需氧量和氨氮排放總量分別減少14%和16%以上。
《規劃》提出九項主要措施：
在推進形成綠色發展格局方面。一是開展聯防聯控，推動京津冀環境管理一體化，完善區域協作機制，打造協同發展精品區域，重點做好2022北京冬奧會的綠色環境保障和北京城市副中心生態環境的規劃建設管理。二是落實首都城市戰略定位，疏解非首都功能産業，控制用能、用水、建設規模。到2020年，全市能源消費總量控制在7651萬噸標準煤以內，用水總量控制在43億立方米以內，城鄉建設用地控制在2800平方公里以內。三是拓展綠色發展空間，劃定生態保護紅線，推進生態環境建設，加強自然保護區管護。繼續實施平原38萬畝綠化工程；加強森林撫育，實施300萬畝中幼林撫育工程；恢復濕地8000公頃，新增濕地3000公頃。2020年全市森林覆蓋率提高到44%。
在全面開展環境污染防治方面。一是大氣污染協同減排。深化現有大氣防治措施、拓展防治新領域、探索防治新方法，推進交通運輸、能源生産和消費、工業和工藝過程、城市建設和管理、農業及生活服務業等領域的污染綜合治理。2017年1月起實施第六階段車用油品標準；到2020年，公交行業新能源、清潔能源車輛比例力爭達到70%，新能源、清潔能源環衛車輛比例達到55%。到2020年底，全市平原地區基本實現平房採暖“無煤化”，基本實現無燃煤鍋爐。2017年底前，完成全市50個重點區域、200個重點行政村的“散、亂、污”企業清理整治。
二是水污染防治。保障飲用水源安全，聚焦黑臭水體，重點在城鄉結合部和遠郊區，綜合治理生活污水、工業廢水、農業污水和城市面源污染，加大再生水等水資源調配、補給力度，改善水環境品質。全市新改擴建污水處理廠或再生水廠44座。到2020年，全市城鎮污水處理能力達到726萬立方米/日，全市再生水利用量達到12億立方米；全市新建和改造污染管網1347公里，基本實現建成區和城鄉結合部污水全收集。
三是土壤污染防治。摸清土壤環境狀況，加強土壤污染預防，實施農用地分類管理，嚴格污染地塊風險管控。2018年底前，查明農用地土壤環境狀況；2020年底前，完成重點行業企業用地土壤環境調查與評價，掌握污染地塊分佈及環境風險情況。
在持續加強環境風險防控方面。一是切實加強核與輻射安全監管。二是嚴格危險廢物和化學品管理。三是提高環境應急處置能力。
《規劃》明確四項主要任務：
在構建多元共治體制機制方面。按照中央提出的“黨政同責、一崗雙責、終身追責”要求，厘清落實各級黨委政府屬地責任和有關部門環保責任，建立健全考核評價和責任追究機制。構建企業環境信用評價制度，將企業環境行為納入社會信用體系。健全政府環境信息公開機制；利用各類媒體加大對生態環境保護政策法規標準的解讀，全面、客觀、及時宣傳環境保護和生態建設工作進展，回應社會關切，營造同呼吸、共責任、齊努力的濃厚氛圍。
在發揮經濟政策引導作用方面。拓展環保投融資渠道，推進環境經濟政策創新。制定實施有利於保護環境、推動綠色發展的經濟政策，支援重點污染源治理、老舊機動車淘汰、煤改清潔能源、污水處理設施建設等一批重點項目。
在完善環境監測監管體系方面。構建先進的環境監測體系和完備的環境監管體系。制定生態環境監測網路建設方案，完善監測制度，推進監測數據共用，努力建設高水準的生態環境監測網路；推動建立街道(鄉鎮)環保管理機構，落實污染源屬地監管職責，構建“市-區-街道(鄉鎮)”三級監管網路。
在強化生態環境保護管理方面。健全嚴格的法規標準體系，提高科技支撐能力，加強國際交流與合作。制定實施排污許可證管理辦法，推進排污權有償使用，制定餐飲、有機化學品製造等行業排放標準；開展細顆粒物形成機理、大氣污染源排放特徵和源解析、土壤污染遷移轉化規律及其生態效應等方面研究。