為了堅持和強化北京作為全國科技創新中心的城市戰略新定位，貫徹落實《北京市人民政府關於強化企業技術創新主體地位全面提升企業創新能力的意見》(京政發〔2013〕28號)，進一步引導和鼓勵企業科技研究開發機構建設，強化企業技術創新主體地位，北京市科委研究制定了《北京市鼓勵企業設立科技研究開發機構實施辦法》。
一、《辦法》編制背景
2007年修訂的《科學技術進步法》新設企業技術進步專章，規定要建立以企業為主體、市場為導向、産學研相結合的技術創新體系，充分發揮企業在技術創新中的主體作用。黨的十八大明確提出實施創新驅動發展戰略，着力構建以企業為主體、市場為導向、産學研相結合的技術創新體系。國務院辦公廳《關於強化企業技術創新主體地位全面提升企業創新能力的意見》(國辦發〔2013〕8號)提出，要引導企業建立研發機構，大幅度提高大中型工業企業建立研發機構的比例。市政府《關於強化企業技術創新主體地位全面提升企業創新能力的意見》(京政發[2013]28號)要求，要支援企業建設高水準研發機構，加強企業研發機構的認定與管理，鼓勵企業申報認定市級企業研發機構。
二、制定《辦法》的總體思路
《辦法》圍繞使市場在創新資源配置中起決定性作用和更好發揮政府作用，健全技術創新市場導向機制，着重突出企業技術創新主體地位，強化企業在研發投入、研發機構建設、技術創新決策中的主體意識和作用，在總體思路上主要把握了以下幾點：一是強化政策引導，促進創新資源向企業聚集；二是處理好已認定存量與新認定增量之間的關係；三是服務扶持與轉變職能相結合。
三、《辦法》的主要內容
(一)關於市級企業研發機構認定
《辦法》規定，申請認定市級企業研發機構，應當是在本市或者區(縣)工商行政管理部門依法取得《企業法人營業執照》或《營業執照》的法人企業或者企業分支機構。同時明確要求，不再受理與已取得認定資格的企業所從事主營業務相同的母公司或控股子公司提交的認定申請。
其中，法人企業申請認定的，需工商登記1年以上，科研用房面積300平米以上、科研儀器設備原值200萬元以上等，並對專職研發人員設定比例要求。同時對研究開發經費投入佔銷售總收入的比例按照分段超額累退比例原則核定，技術性收入佔總收入的比例要求不低於60%；
分支機構申請認定市級企業研發機構的，要求所屬公司上一年度總收入在1億元(含)以上，對科研用房、科研儀器設備原值和專職研發人員均作出了規定，同時對研究開發經費投入佔銷售總收入的比例按照分段超額累退比例原則核定。
另外，《辦法》從申請材料、形式審查、正式受理、書面審查、現場考察、認定公佈等環節規定了申報認定程式，並明確了認定時限為30個工作日。
(二)關於評估與管理
《辦法》規定，市級企業研發機構自通過認定之日起，每三年復核一次。復核以書面審查為主，現場考察為輔。對市級企業研發機構重大調整事項採取事後備案方式。《辦法》同時明確了撤銷市級企業研發機構資格的情形。
(三)關於扶持政策
扶持政策包括市科委支援政策和經相關委辦局認可的扶持措施。對於各委辦局的支援措施，如各區縣的配套支援、高級人才獎勵等相關政策，以市級企業研發機構權利的形式錶述。