北京市方志館館藏圖書六萬餘冊，按照《中國圖書分類法》，分為馬克思主義、列寧主義、毛澤東思想，哲學、宗教，社會科學總論，政治、法律，軍事，經濟，文化、科學、教育、體育，語言、文字，文學，藝術，歷史、地理，自然科學總論，天文學、地球科學，醫藥、衛生，農業科學，工業技術，交通運輸，綜合性圖書等大類，重點收存方志、年鑒及北京地情資料書。其中，方志類圖書14786種16554冊，包括各省市、自治區、直轄市、縣（縣級市）、鄉（鎮）、村的舊志、新志、部門志、專業志、特色志以及方志理論研究、方志工具書等；年鑒類圖書3016種4435冊，包括各省市、自治區、直轄市的專業年鑒、部門年鑒等；北京地情資料書28145冊，涵蓋了北京的政治、經濟、歷史、文化、社會等方面的史籍、史料、研究、大事記、工具書等各種書籍。