母乳餵養可以保護寶寶遠離疾病。很多媽媽都知道母乳餵養的寶寶抵抗力好，但是具體的原因可能還不是很清楚。首先，母乳含有很多保護嬰兒預防感染的因子，這些抗感染因子提供的保護力對嬰兒是獨一無二的，包括免疫球蛋白、白細胞、乳清蛋白(溶菌酶和乳鐵蛋白)、多聚糖等。母乳餵養有助於防止嬰兒發生腹瀉、呼吸道感染、耳部感染、尿路感染以及腦膜炎。即使有感染，其次數和嚴重程度都會明顯降低。
此外，如果媽媽被普通的細菌或病毒感染生病後，其體內的白細胞被激活，同時産生抗體來抵抗感染；部分白細胞隨著血液迴圈到達乳房，也會産生抗體，並從乳汁中分泌出來，來保護嬰兒。因為母乳可以保護寶寶免受感染，所以當媽媽被感染時，正確的做法是不應該與寶寶分開。
動物乳汁經過改良，加入水、糖和微營養素之後，可以暫時作為母乳替代品，但是動物乳汁永遠不如母乳，也不含有母乳的抗感染特性。通常利用牛奶或豆粉加工嬰兒配方奶，並參照母乳成分調整營養素含量。但是，脂肪和蛋白質的品質的差別無法改變，奶粉中仍然缺乏抗感染因子和生物活性因子。
