金元时期，此处在通州城南垣中段外侧，因首都中都、大都先后设于燕京蓟城，潞河(白河)得到开竣为大运河起首河道，大批信仰伊斯兰教者或因漕运、或以脚夫、或由从商、或源放牧，于此定居，于延佑年间建朝真寺，以满足穆斯林需求。明正德十四年(1519)、万历二十一年(1593)重修，易称清真寺。清康熙间，圣祖曾至此寺，遂有邦克楼门额楷书“万寿天疆”大木匾。四十七年(1708)，增建礼拜殿敞轩两侧入殿过道亭。道光年间(1821-1850)，办“义学”增建房舍。光绪元年(1875)增修。民国二十年(1931)重修。二十二年(1933)春，一股日寇侵入运河东畔，炮轰县城，炸毁清真寺礼拜殿一、二卷，起火殃及北教长室，旋即修复，且开办清真寺大学。三十四年(1945)再修。解放前，曾在寺内开设穆光小学校，教授回民子女，解放后因之，易称“回民小学”，对古代建筑有所拆改。1959年公布为通州区文物保护单位。“文革”间，此寺易作通县残疾人福利厂，破坏严重，仅保留礼拜殿、北教长室、北讲堂及北跨院。1982年恢复宗教活动，工厂迁出。
通州清真寺
此寺规模宏大，布局紧严，大于北京牛街清真寺，且综合运用中国古代传统建筑形制，绚丽多彩，具有很高的建筑艺术水平，有一定的科学价值。此寺是大运河北端回民聚居众多的历史见证，是大运河文化的重要载体，又康熙、乾隆二帝去东陵祭祖或视察运河的往返途中，亦均曾入此寺，有一定的历史价值。
