自康熙二十六年(1687)二月，玄烨移住畅春园之后，到康熙六十一年，玄烨逝世于园内的清溪书屋，每年约有107余天的时间在园内居住。大多是每年正月上旬在紫禁城举办完重大仪式后，即移住到畅春园，最早的是正月初二就离开紫禁城前往畅春园。畅春园成为清圣祖玄烨的御园，它的主要功能是作为供皇帝避喧理政和居住的场所。畅春园的九经三事殿相当于紫禁城中的太和殿，澹宁居和清溪书屋相当于紫禁城中的养心殿。玄烨除去在这里处理政务、接见朝臣、任命官吏外，还在这里策试选士、阅试武举、赐宴王公大臣、接见外国使节和举办千叟宴等。畅春园成为康熙时期清朝的实际政治中心。
清圣祖康熙皇帝病逝以后，雍正皇帝登基，大规模扩建圆明园，皇帝理政和居住的场所由畅春园转移到圆明园，把理政地点移到了圆明园的正大光明殿(相当于紫禁城的太和殿)和勤政亲贤殿(相当于紫禁城的养心殿)，寝宫在圆明园的九州清晏。至于胤禛把理政地点从畅春园转移到圆明园的原因至今无人论及，倒是乾隆在《御制圆明园后记》中说处了几点理由：“夫帝王临朝施政之暇，必有游观旷览之地，然得其宜适以养性而陶情，失其宜适以玩物而丧志。宫室服御奇技玩好之念切，则亲贤纳谏勤政爱民之念疎矣。其害可胜言哉！我皇考未就畅春园而居者，以有此圆明园也，而不斲不雕，一皇祖淳朴之心，然规模之宏敞，邱壑之幽深，风土草木之清佳，高楼邃室之具备，亦可称观止。实天宝地灵之区，帝王豫游之地，无以踰此。后世子孙必不舍此而重费民力，以创建苑囿，斯则深契朕法皇考勤俭之心以为心矣。藉曰祖考所居不忍居也，则宫禁又当何如？”(于敏忠等：《日下旧闻考》卷80《国朝苑囿》)这里，弘历首先说了帝王应该具有的生活方式，即帝王处理政事之余，要有“游观旷览之地”，以养人心性、陶人情操，而且不能勾起帝王对宫室服饰和奇技淫巧的贪念。世宗皇帝不在畅春园理政居住的原因，一是因为有了自己的苑囿——圆明园；二是圆明园不雕不绘，完全符合圣祖康熙皇帝节俭的思想；三是圆明园规模之宏大、环境之优美，令人叹为观止，实在是帝王游憩的绝佳之地；最后，弘历批驳了那种畅春园是圣祖所居，世宗不好意思居住的说法，紫禁城的宫禁也是圣祖居住过的，难道世宗就不能到紫禁城居住了吗？弘历所说的雍正把理政地点从畅春园转移到圆明园的理由虽然有一定的道理，但不能完全服人。雍正初期，清朝财政相当困难，雍正上台后即迫不及待地扩建圆明园，并且把理政地点也转移到这里，其中的真正原因还有待进一步探讨。
世宗胤禛以后的几个皇帝，如乾隆、嘉庆、道光和咸丰皇帝均在圆明园理政，直到咸丰十年(1860)，文宗奕詝逃亡热河。这期间，只有乾隆皇帝到畅春园向皇太后请安后，有时在畅春园内的无逸斋、集凤轩和西花园的讨源书屋临时处理一些政事。
