雍正皇帝画像
康熙帝玄烨逝世以后，雍正帝胤禛即位，引发无数是非。此事乃著名历史悬案，而畅春园也因此成为帝位交替的舞台。胤禛的赐园是圆明园，他决定扩建圆明园，增建上朝听政等宫廷建筑，使之成为新的御园。恩佑寺的修建，标志着畅春园全盛时代的结束，它不再是朝廷政务活动的中心，其御园的政治功能已经被圆明园所取代。
雍正年间，雍正帝没有继续在这个园子居住，他还是常住自己熟悉的圆明园一带。畅春园仍是一座御苑，但其功能则不那么重要也不那么专一了。一度时间，畅春园驻扎了军队，并修建了营房。这个时间跨度为雍正朝13年及乾隆朝前2年，这期间畅春园失去了往昔繁华热闹。
兴建恩佑寺
恩佑寺建于雍正元年(1723)，是雍正为其父康熙“圣祖仁皇帝荐福”而建造的，位于畅春园东北角，与清溪书屋紧相毗邻，康熙晚年常在清溪书屋宴寝，并驾崩于此。恩佑寺原有三进院落，其山门坐西朝东，外临大道，山门上额题“敬建恩佑寺”，门内横跨三座石桥。正殿面阔五间，内供三世佛，中间为释迦牟尼，左侧为药师佛，右则为无量寿佛。“二层山门额曰龙象庄严。正殿额曰心源统贯。皆世宗(雍正)御书。殿内龛额曰宝地昙霏。联曰：万有拥祥轮，净因资福；三乘参慧镜，香届超尘。皆皇上(乾隆)御书。”(《日下旧闻考》)
关于思佑寺与清溪书屋的关系，有一种误解。弘历《清溪书屋》诗序说：“畅春园中是处为皇祖宴寝之所。我皇考改建恩佑寺以奉御容。”有人便理解为清溪书屋这座寝殿被改建成恩佑寺的庙堂了。关于这一点，样式雷画样标识得很清楚，恩佑寺建在东园墙内，坐西面东，而清溪书屋坐北面南；恩佑寺的正殿“心源统贯”位置，处于清溪书屋后殿导和堂的东边。“导和堂东穿堂门，即恩佑寺侥殿后也。”(《日下旧闻考》卷七十六)可见，清溪书屋本身并未被改造成庙堂，它与恩佑寺的殿堂同时存在着。
驻军祭祀
雍正年间，胤禛没有前往畅春园住宿，在《清世宗宪皇帝实录》中看不到关于畅春园的安排。唯雍正元年六月上谕：畅春园应常驻军队，取代原有的轮值卫兵，并修建兵营房舍供其居住。次年四月，房舍修造完成，总计达到一万间。所派兵丁隶属护军营，自贫穷无依、品行端正之八旗子弟中挑补。由朝廷负担迁移及生活费用。园林警戒例由八旗护军营负责。康熙驻跸畅春园时，护军营需自京城轮班前往。雍正帝即位后，圆明园取代了畅春园。雍正四年六月，上谕拨发帑银，建立屋舍，命三千护军常驻警戒，从此免去护军营轮替之苦，也使园林警戒制度有所改动。
雍正皇帝改住圆明园后，畅春园失去了往昔繁华，更多成为怀念其先皇之处，与祭祀联系在一起。据内务府造办处《各作成做活计清档》(以下简称“活计档”)载：“(雍正元年)七月初四，怡亲王谕，天穹宝殿、钦安殿、中正殿、畅春园、慈宁宫、旃檀寺、嵩竺寺、圆明园、养心殿佛堂每一处，酌量做西瓜灯一二对，送去悬挂，钦此。”此后直至雍正三年，每年均有挂灯记载，仅雍正四年未提及圆明园、畅春园二处。
清朝宫廷中，儒释道三家都有其相应地位。上述挂灯之所，几乎均为清廷佛道二教道场或帝后寝宫。挂灯日期为七月十五，道教以此为“中元节”，乃地官大帝诞辰。地官主管赦罪，故此日成为道家解罪救难之节。佛教据《佛说盂兰盆经》中目连救母事，本有“盂兰盆节”，宣扬普度慈航，孝敬父母。佛教传入中国后，渐与传统习俗融合，定七月十五为盂兰盆节正日。民间此日有祖先灵魂返家探视之说，故于家门挂灯，为先祖魂灵引路。清宫于此日前后制作灯具，悬挂灯火，很明显是承此习俗。而畅春园其时无人居住，挂灯应为雍正皇帝祭奠其父之意。
陈设变化
清朝皇家园林均比照内廷陈设完备，但在雍正朝“活计档”中，与雍正初年圆明园不断扩建，兴修池台、增设家具相反，畅春园原有陈设不断被搬移，唯佛龛、佛像等还有所添置。如雍正三年八月十一日，做成紫檀木彩画洋金塔一座，雍正皇帝谕：“再照此塔样做一份，塔内漆盒做高些，盒内居中添一高台，将原供的玉石盒放在漆盒内居中。送在畅春园呈供。”雍正四年“活计档”中，多次记载自畅春园搬出物件。如三月二十四，载总管太监王朝卿、刘国兴、安太交来琴数张，其中“畅春园琴二十八张”，与丰泽园、懋勤殿、瀛台、乾清宫、静明园等十九处宫殿交来之琴一同“着将弦对准，于二十六日、二十七日送来呈览，钦此。”类似记载尚有几处，这些细节或许说明园中已无需此类娱乐性器物。
