北京市方志馆馆藏图书六万余册，按照《中国图书分类法》，分为马克思主义、列宁主义、毛泽东思想，哲学、宗教，社会科学总论，政治、法律，军事，经济，文化、科学、教育、体育，语言、文字，文学，艺术，历史、地理，自然科学总论，天文学、地球科学，医药、卫生，农业科学，工业技术，交通运输，综合性图书等大类，重点收存方志、年鉴及北京地情资料书。其中，方志类图书14786种16554册，包括各省市、自治区、直辖市、县（县级市）、乡（镇）、村的旧志、新志、部门志、专业志、特色志以及方志理论研究、方志工具书等；年鉴类图书3016种4435册，包括各省市、自治区、直辖市的专业年鉴、部门年鉴等；北京地情资料书28145册，涵盖了北京的政治、经济、历史、文化、社会等方面的史籍、史料、研究、大事记、工具书等各种书籍。