1.办公室。负责机关日常运转，承担文电、会务、机要、档案等工作。承担信访、建议议案提案办理、信息、安全保密、对外联络、后勤保障等工作。负责组织落实市级督查督办任务，开展内部督查督办工作。负责机关及所属单位财务、资产和内部控制管理工作。
2.法制处。负责机关推进依法行政综合工作。承担机关行政规范性文件的合法性审核及备案工作。承担行政诉讼、行政复议等有关工作。负责有关行政执法的监督、指导和协调。组织研究、协调落实市级赋权相关工作。组织开展重大课题研究，承担重要文稿起草工作。
3.创新发展处。统筹负责城市副中心经济社会发展体制机制改革创新和相关政策研究。组织编制城市副中心（通州区）国民经济和社会发展中长期规划，并对规划实施情况进行评估。协调推进城市副中心国家绿色发展示范区建设和高质量发展工作。
4.投资综合处。组织拟订并协调实施城市副中心固定资产投资支撑项目计划、城市副中心年度重点工程行动计划。研究推进投融资体制改革，统筹政府投资和财政性建设资金，促进社会投资。按照规定权限在城市副中心范围内行使发展改革有关市级审批权。
5.产业促进处。组织拟订并协调实施城市副中心优化产业结构的相关规划和政策措施，协调推进重大产业项目引进。负责文化旅游区旅游服务与管理、新闻宣传、应急保障等日常管理工作；组织相关部门做好辖区市场秩序、市容园林、生态环境、交通和客流管理等工作，开展联合执法；负责环球主题公园运营外围保障工作等。
6.营商环境处（政务服务处）。负责研究提出城市副中心优化营商环境政策建议并协调实施。负责推进城市副中心简政放权、放管结合、优化服务改革和行政审批制度改革工作。会同市政务服务局负责城市副中心政务服务中心的建设、运行和管理，为城市副中心及北京东部地区提供综合政务服务。落实京津冀政务跨省通办。负责机关大数据建设、信息公开和政务公开工作。
7.规划编制处。统筹城市副中心空间规划管理。负责城市副中心各类空间规划、相关专项规划、重点地区城市设计和非跨区域性市政交通规划的编制、审查、报批、评估、维护工作。组织开展城市体检评估工作。
8.规划实施处。统筹协调推进城市副中心规划实施工作。承担建设项目实施方案研究、审查、报批、评估工作。承担推动年度重点项目规划实施落地工作。按照规定权限指导监督城市副中心规划审批工作。
9.自然资源管理处。统筹城市副中心自然资源用途管制、开发利用等工作。研究推进土地管理制度改革。承担土地整理复垦、土地征收征用、农用地转用、土地储备、土地供应工作。按照规定权限在城市副中心范围内行使自然资源管理有关市级审批权。
10.建设管理协调处。组织编制城市副中心城市建设管理方面的年度计划。研究提出住房保障和职住平衡相关政策并协调实施。研究建立国际一流、国内领先的城市管理规则、标准体系并组织实施。组织推进交通一体化、市政基础设施、公共服务设施、智慧城市建设。做好重点工程、重大项目建设政策协调服务保障工作。按照规定权限在城市副中心范围内行使建设管理领域有关市级审批权和质量监督权。
11.一体化发展协调处。承担北京市通州区与河北省三河、大厂、香河三县市一体化高质量发展示范区执行委员会北京方面的综合协调、政策研究、联络服务等工作。
12.人事处。按照规定权限负责干部人事、机构编制、队伍建设、离退休人员服务管理等工作。
13.机关党委。承担党工委落实全面从严治党主体责任的具体工作。负责党群、纪检和党风廉政建设工作。承担内部审计工作。
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