（2006年3月27日農業部令第62號公佈，2013年12月31日農業部令2013年第5號、2014年4月25日農業部令2014年第3號修訂）
第一章 總 則
第一條 為保護和合理利用食用菌種質資源，規範食用菌品種選育及食用菌菌種（以下簡稱菌種）的生産、經營、使用和管理，根據《中華人民共和國種子法》，制定本辦法。
第二條 在中華人民共和國境內從事食用菌品種選育和菌種生産、經營、使用、管理等活動，應當遵守本辦法。
第三條 本辦法所稱菌種是指食用菌菌絲體及其生長基質組成的繁殖材料。
菌種分為母種（一級種）、原種（二級種）和栽培種（三級種）三級。
第四條 農業部主管全國菌種工作。縣級以上地方人民政府農業（食用菌，下同）行政主管部門負責本行政區域內的菌種管理工作。
第五條 縣級以上地方人民政府農業行政主管部門應當加強食用菌種質資源保護和良種選育、生産、更新、推廣工作，鼓勵選育、生産、經營相結合。
第二章 種質資源保護和品種選育
第六條 國家保護食用菌種質資源，任何單位和個人不得侵佔和破壞。
第七條 禁止採集國家重點保護的天然食用菌種質資源。確因科研等特殊情況需要採集的，應當依法申請辦理採集手續。
第八條 任何單位和個人向境外提供食用菌種質資源（包括長有菌絲體的栽培基質及用於菌種分離的子實體），應當經所在地省級人民政府農業行政主管部門審核，報農業部批准。
第九條 從境外引進菌種，應當依法檢疫，並在引進後30日內，送適量菌種至中國農業微生物菌種保藏管理中心保存。
第十條 國家鼓勵和支援單位和個人從事食用菌品種選育和開發，鼓勵科研單位與企業相結合選育新品種，引導企業投資選育新品種。
選育的新品種可以依法申請植物新品種權，國家保護品種權人的合法權益。
第十一條 食用菌品種選育（引進）者可自願向全國農業技術推廣服務中心申請品種認定。全國農業技術推廣服務中心成立食用菌品種認定委員會，承擔品種認定的技術鑒定工作。
第十二條 食用菌品種名稱應當規範。具體命名規則由農業部另行規定。
第三章 菌種生産和經營
第十三條 從事菌種生産經營的單位和個人，應當取得《食用菌菌種生産經營許可證》。
僅從事栽培种經營的單位和個人，可以不辦理《食用菌菌種生産經營許可證》，但經營者要具備菌種的相關知識，具有相應的菌種貯藏設備和場所，並報縣級人民政府農業行政主管部門備案。
第十四條 母種和原種《食用菌菌種生産經營許可證》，由所在地縣級人民政府農業行政主管部門審核，省級人民政府農業行政主管部門核發，報農業部備案。
栽培種《食用菌菌種生産經營許可證》由所在地縣級人民政府農業行政主管部門核發，報省級人民政府農業行政主管部門備案。
第十五條 申請母種和原種《食用菌菌種生産經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：
（一） 生産經營母種註冊資本100萬元以上，生産經營原種註冊資本50萬元以上；
（二）省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗人員1名以上、生産技術人員2名以上；
（三）有相應的滅菌、接種、培養、貯存等設備和場所，有相應的品質檢驗儀器和設施。生産母種還應當有做出菇試驗所需的設備和場所。
（四） 生産場地環境衛生及其他條件符合農業部《食用菌菌種生産技術規程》要求。
第十六條 申請栽培種《食用菌菌種生産經營許可證》的單位和個人，應當具備下列條件：
（一）註冊資本10萬元以上；
（二）省級人民政府農業行政主管部門考核合格的檢驗人員1名以上、生産技術人員1名以上；
（三）有必要的滅菌、接種、培養、貯存等設備和場所，有必要的品質檢驗儀器和設施；
（四）栽培種生産場地的環境衛生及其他條件符合農業部《食用菌菌種生産技術規程》要求。
第十七條 申請《食用菌菌種生産經營許可證》，應當向縣級人民政府農業行政主管部門提交下列材料：
（一）食用菌菌種生産經營許可證申請表；
（二）營業執照複印件；
（三）菌種檢驗人員、生産技術人員資格證明；
（四）儀器設備和設施清單及産權證明，主要儀器設備的照片；
（五）菌種生産經營場所照片及産權證明；
（六）品種特性介紹；
（七）菌種生産經營品質保證制度。
申請母種生産經營許可證的品種為授權品種的，還應當提供品種權人（品種選育人）授權的書面證明。
第十八條 縣級人民政府農業行政主管部門受理母種和原種的生産經營許可申請後，可以組織專家進行實地考查，但應當自受理申請之日起20日內簽署審核意見，並報省級人民政府農業行政主管部門審批。省級人民政府農業行政主管部門應當自收到審核意見之日起20日內完成審批。符合條件的，發給生産經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人並説明理由。
縣級人民政府農業行政主管部門受理栽培種生産經營許可申請後，可以組織專家進行實地考查，但應當自受理申請之日起20日內完成審批。符合條件的，發給生産經營許可證；不符合條件的，書面通知申請人並説明理由。
第十九條 菌種生産經營許可證有效期為3年。有效期滿後需繼續生産經營的，被許可人應當在有效期滿2個月前，持原證按原申請程式重新辦理許可證。
在菌種生産經營許可證有效期內，許可證註明項目變更的，被許可人應當向原審批機關辦理變更手續，並提供相應證明材料。
第二十條 菌種按級別生産，下一級菌種只能用上一級菌種生産，栽培種不得再用於擴繁菌種。
獲得上級菌種生産經營許可證的單位和個人，可以從事下級菌種的生産經營。
第二十一條 禁止無證或者未按許可證的規定生産經營菌種；禁止偽造、塗改、買賣、租借《食用菌菌種生産經營許可證》。
第二十二條 菌種生産單位和個人應當按照農業部《食用菌菌種生産技術規程》生産，並建立菌種生産檔案，載明生産地點、時間、數量、培養基配方、培養條件、菌種來源、操作人、技術負責人、檢驗記錄、菌種流向等內容。生産檔案應當保存至菌種售出後2年。
第二十三條 菌种經營單位和個人應當建立菌种經營檔案，載明菌種來源、貯存時間和條件、銷售去向、運輸、經辦人等內容。經營檔案應當保存至菌種銷售後2年。
第二十四條 銷售的菌種應當附有標籤和菌種品質合格證。標籤應當標注菌種種類、品種、級別、接種日期、保藏條件、保質期、菌種生産經營許可證編號、執行標準及生産者名稱、生産地點。標籤標注的內容應當與銷售菌種相符。
菌种經營者應當向購買者提供菌種的品種種性説明、栽培要點及相關諮詢服務，並對菌種品質負責。
第四章 菌種品質
第二十五條 農業部負責制定全國菌種品質監督抽查規劃和本級監督抽查計劃，縣級以上地方人民政府農業行政主管部門負責對本行政區域內菌種品質的監督，根據全國規劃和當地實際情況制定本級監督抽查計劃。
菌種品質監督抽查不得向被抽查者收取費用。禁止重復抽查。
第二十六條 縣級以上人民政府農業行政主管部門可以委託菌種品質檢驗機構對菌種品質進行檢驗。
承擔菌種品質檢驗的機構應當具備相應的檢測條件和能力，並經省級以上人民政府有關主管部門考核合格。
第二十七條 菌種品質檢驗機構應當配備菌種檢驗員。菌種檢驗員應當具備以下條件：
（一）具有相關專業大專以上文化水準或者具有中級以上專業技術職稱；
（二）從事菌種檢驗技術工作3年以上；
（三）經省級以上人民政府農業行政主管部門考核合格。
第二十八條 禁止生産、經營假、劣菌種。
有下列情形之一的，為假菌種：
（一）以非菌種冒充菌種；
（二）菌種種類、品種、級別與標籤內容不符的。
有下列情形之一的，為劣菌種：
（一）品質低於國家規定的種用標準的；
（二）品質低於標籤標注指標的；
（三）菌種過期、變質的。
第五章 進出口管理
第二十九條 從事菌種進出口的單位，除具備菌種生産經營許可證以外，還應當依照國家外貿法律、行政法規的規定取得從事菌種進出口貿易的資格。
第三十條 申請進出口菌種的單位和個人，應當填寫《進（出）口菌種審批表》，經省級人民政府農業行政主管部門審核，報農業部審批後，依法辦理進出口手續。
菌種進出口審批單有效期為3個月。
第三十一條 進出口菌種應當符合下列條件：
（一）屬於國家允許進出口的菌種質資源；
（二）菌種品質達到國家標準或者行業標準；
（三）菌種名稱、種性、數量、原産地等相關證明真實完備；
（四）法律、法規規定的其他條件。
第三十二條 申請進出口菌種的單位和個人應當提交下列材料：
（一）《食用菌菌種生産經營許可證》複印件、營業執照副本和進出口貿易資格證明；
（二）食用菌品種説明；
（三）符合第三十一條規定條件的其他證明材料。
第三十三條 為境外制種進口菌種的，可以不受本辦法第二十九條限制，但應當具有對外制種合同。進口的菌種只能用於制種，其産品不得在國內銷售。
從境外引進試驗用菌種及擴繁得到的菌種不得作為商品菌種出售。
第六章 附 則
第三十四條 違反本辦法規定的行為，依照《中華人民共和國種子法》的有關規定予以處罰。
第三十五條 本辦法所稱菌種種性是指食用菌品種特性的簡稱，包括對溫度、濕度、酸鹼度、光線、氧氣等環境條件的要求，抗逆性、豐産性、出菇遲早、出菇潮數、栽培周期、商品品質及栽培習性等農藝性狀。
第三十六條 野生食用菌菌種的採集和進出口管理，應當按照《農業野生植物保護辦法》的規定，辦理相關審批手續。
第三十七條 本辦法自2006年6月1日起施行。1996年7月1日農業部發佈的《全國食用菌菌種暫行管理辦法》（農農發〔1996〕6號）同時廢止，依照《全國食用菌菌種暫行管理辦法》領取的菌種生産、經營許可證自有效期屆滿之日起失效。