十年來，北京市不斷深化科研經費改革，着力破除體制機制障礙，最大限度賦予科研人員更大的人財物自主支配權。
2021年，北京市自然科學基金專項、科技新星計劃專項和獨立法人研發機構科技專項三類項目納入“包乾制”試點，越來越多的科研人員擺脫繁瑣的財務事物，專心投入科研主責主業，打通了“減負松綁”的“最後一公里”。
2022年，北京市自然科學基金14家試點依託單位共提出2023年度市基金各類項目申請2372項，僅無需編制預算一項，就至少節省2372天的申報時間，減少經費調整次數200余次。超過80項試點項目因“特事特辦、隨到隨辦”的採購機制解決了燃眉之急。
步履不停 激發北京科技創新活力
近年來，北京市持續探索推出科技經費管理改革的政策和措施，平均每2-3年啟動一輪科研經費管理改革，很多改革內容在全國屬於首創。
2010-2013年，北京市在全國率先啟動了科技項目間接經費試點，發揮中關村“先行先試”制度優勢。從《中關村國家自主創新示範區科技重大專項項目（課題）經費間接費用列支管理辦法（試行）》《中關村國家自主創新示範區科技重大專項資金試點管理辦法》，到《關於調整國家科技計劃和公益性行業科研專項經費管理辦法若干規定的通知》，科研項目經費走向全面採用直接—間接費用管理模式。
2014-2015年，北京市啟動科技經費管理系統性改革，修訂印發了《北京市科技計劃項目（課題）經費管理辦法》，在間接費核定比例等方面突破力度更大。
2016-2018年，北京市全面推動“放管服”改革落地，出臺《北京市關於進一步完善財政科研項目和經費管理的若干政策措施》（簡稱“28條政策”），積極推出“松綁+激勵”的科技經費管理措施，相繼出臺一系列改革措施確保“28條政策”全面落地。
2019-2020年，北京市進一步加大改革力度，推動完善以信任為前提的科研管理機制，發佈了《關於新時代深化科技體制改革加快推進全國科技創新中心建設的若干政策措施》，在開展科研項目經費“包乾制”試點等方面提出了新的改革突破。
2021年，國務院辦公廳《關於改革完善中央財政科研經費管理的若干意見》提出擴大經費“包乾制”實施範圍。北京市先後出臺政策，將市自然科學基金專項、科技新星計劃專項和獨立法人研發機構科技專項三類科研項目納入財政科研項目經費“包乾制”試點，使“包乾制”試用範圍更廣、力度更大。
減負松綁 助推科研工作提質增效
“包乾制”從預算編制、經費撥付和使用、審計監督等各環節進行了“全鏈條式放權”，徹底把時間“還”給科研人員，讓科研人員從各類報表中解放出來，專心致志地開展科研工作。
“包乾制”試點開展後，科研人員可以自主決定經費使用，明確責權邊界，建立項目經費的“負面清單”和監督評估管理措施，做到了以需求為導向，把經費花到需要的地方。北京大學第三醫院泌尿外科主任醫師盧劍是北京市自然基金項目“包乾制”試點第一批“吃螃蟹的人”。他表示，得益於“包乾制”，團隊不僅構建了多中心、大樣本的國人前列腺癌多組學數據庫，還在前列腺癌影像檢測新理論和人工智慧輔助診療新技術方面取得較好成果。
北京交通大學是北京市自然基金“包乾制”試點單位之一。張淳傑教授表示，“包乾制”中“特事特辦、隨到隨辦”的採購機制和簡化了的審批流程，使團隊順利購買到項目所需的硬體設備，提高了研發工作效率。2022年獲得歐洲電腦視覺會議舉辦的DeeperAction挑戰賽冠軍。
強化紅線 打好科研生態組合拳
2016年，北京市政府聯合北京大學支援中國科學院院士、北京大學奈米科技研究中心主任劉忠范牽頭成立北京石墨烯研究院，開展石墨烯關鍵共性技術及工程化攻關。
市科委、中關村管委會負責人介紹，北京石墨烯研究院正式運作時，北京市設置了獨立科技專項，逐年滾動支援研究院開展技術攻關、人才培養、平臺搭建，打造堅實的石墨烯優勢基礎，保障研究院發展“生命線”，讓科研人員得以持續、穩定地開展研究工作。
劉忠范介紹，市科委、中關村管委會將項目選擇權交給了研究院，只按“負面清單”進行管理。研究院不需要將每個項目都向市科委、中關村管委會進行申請，也不再需要單獨編制預算，而是可以按研究發展方向進行總體佈局，改變了過去有可能存在的研究碎片化的問題。
2023年3月，北京石墨烯研究院首輪“包乾制”項目通過專家驗收，並被評為優秀。
北京市自然科學基金建立的“負面清單”機制，為科研項目經費使用定下了一條“紅線”，在以人為本的同時，輔以相應的監督機制，讓科研人員走好經費使用的“平衡木”。自“包乾制”方案印發以來，共實施科研項目近1400余項，累計覆蓋5000余名科研人員，支援經費約4.9億元。
