要説棉花衚同名字的來由，有兩種説法。
1449年明英宗朱祁鎮在宦官王振的慫恿下，御駕親徵來犯的瓦剌，結果用兵不當失敗被俘，史稱“土木堡之變”。英宗被俘之後，瓦剌繼續南下攻打北京，朝中大臣紛紛要求遷都，時任兵部左侍郎的於謙則堅決反對，力主抵抗，於是升任兵部尚書，率全城軍民抵抗。就在瓦剌軍隊將北京城團團圍住時，為了自給自足，於謙命令在此街紡棉，一條街從南到北，都參與其中，其景尤為壯觀，“棉花衚同”也從此叫開。
另一説法是明末著名女將軍秦良玉三次率領白桿兵，北上勤王，並拿出自己的全部家産作為軍餉，以補朝廷因連年應戰而造成的軍需不足。四川營衚同和棉花衚同就是當年秦良玉京城駐兵的地方，因為明末國庫空虛，秦良王率軍在此衚同紡織棉布，籌集軍餉而得名。
