金元時期，此處在通州城南垣中段外側，因首都中都、大都先後設於燕京薊城，潞河(白河)得到開竣為大運河起首河道，大批信仰伊斯蘭教者或因漕運、或以腳夫、或由從商、或源放牧，於此定居，於延佑年間建朝真寺，以滿足穆斯林需求。明正德十四年(1519)、萬曆二十一年(1593)重修，易稱清真寺。清康熙間，聖祖曾至此寺，遂有邦克樓門額楷書“萬壽天疆”大木匾。四十七年(1708)，增建禮拜殿敞軒兩側入殿過道亭。道光年間(1821-1850)，辦“義學”增建房舍。光緒元年(1875)增修。民國二十年(1931)重修。二十二年(1933)春，一股日寇侵入運河東畔，炮轟縣城，炸毀清真寺禮拜殿一、二卷，起火殃及北教長室，旋即修復，且開辦清真寺大學。三十四年(1945)再修。解放前，曾在寺內開設穆光小學校，教授回民子女，解放後因之，易稱“回民小學”，對古代建築有所拆改。1959年公佈為通州區文物保護單位。“文革”間，此寺易作通縣殘疾人福利廠，破壞嚴重，僅保留禮拜殿、北教長室、北講堂及北跨院。1982年恢復宗教活動，工廠遷出。
通州清真寺
此寺規模宏大，佈局緊嚴，大於北京牛街清真寺，且綜合運用中國古代傳統建築形制，絢麗多彩，具有很高的建築藝術水準，有一定的科學價值。此寺是大運河北端回民聚居眾多的歷史見證，是大運河文化的重要載體，又康熙、乾隆二帝去東陵祭祖或視察運河的往返途中，亦均曾入此寺，有一定的歷史價值。
