1.辦公室。負責機關日常運轉，承擔文電、會務、機要、檔案等工作。承擔信訪、建議議案提案辦理、資訊、安全保密、對外聯絡、後勤保障等工作。負責組織落實市級督查督辦任務，開展內部督查督辦工作。負責機關及所屬單位財務、資産和內部控制管理工作。
2.法制處。負責機關推進依法行政綜合工作。承擔機關行政規範性文件的合法性審核及備案工作。承擔行政訴訟、行政復議等有關工作。負責有關行政執法的監督、指導和協調。組織研究、協調落實市級賦權相關工作。組織開展重大課題研究，承擔重要文稿起草工作。
3.創新發展處。統籌負責城市副中心經濟社會發展體制機制改革創新和相關政策研究。組織編制城市副中心（通州區）國民經濟和社會發展中長期規劃，並對規劃實施情況進行評估。協調推進城市副中心國家綠色發展示範區建設和高品質發展工作。
4.投資綜合處。組織擬訂並協調實施城市副中心固定資産投資支撐項目計劃、城市副中心年度重點工程行動計劃。研究推進投融資體制改革，統籌政府投資和財政性建設資金，促進社會投資。按照規定許可權在城市副中心範圍內行使發展改革有關市級審批權。
5.産業促進處。組織擬訂並協調實施城市副中心優化産業結構的相關規劃和政策措施，協調推進重大産業項目引進。負責文化旅游區旅游服務與管理、新聞宣傳、應急保障等日常管理工作；組織相關部門做好轄區市場秩序、市容園林、生態環境、交通和客流管理等工作，開展聯合執法；負責環球主題公園運營週邊保障工作等。
6.營商環境處（政務服務處）。負責研究提出城市副中心優化營商環境政策建議並協調實施。負責推進城市副中心簡政放權、放管結合、優化服務改革和行政審批制度改革工作。會同市政務服務局負責城市副中心政務服務中心的建設、運作和管理，為城市副中心及北京東部地區提供綜合政務服務。落實京津冀政務跨省通辦。負責機關大數據建設、信息公開和政務公開工作。
7.規劃編制處。統籌城市副中心空間規劃管理。負責城市副中心各類空間規劃、相關專項規劃、重點地區城市設計和非跨區域性市政交通規劃的編制、審查、報批、評估、維護工作。組織開展城市體檢評估工作。
8.規劃實施處。統籌協調推進城市副中心規劃實施工作。承擔建設項目實施方案研究、審查、報批、評估工作。承擔推動年度重點項目規劃實施落地工作。按照規定許可權指導監督城市副中心規劃審批工作。
9.自然資源管理處。統籌城市副中心自然資源用途管制、開發利用等工作。研究推進土地管理制度改革。承擔土地整理復墾、土地徵收徵用、農用地轉用、土地儲備、土地供應工作。按照規定許可權在城市副中心範圍內行使自然資源管理有關市級審批權。
10.建設管理協調處。組織編制城市副中心城市建設管理方面的年度計劃。研究提出住房保障和職住平衡相關政策並協調實施。研究建立國際一流、國內領先的城市管理規則、標準體系並組織實施。組織推進交通一體化、市政基礎設施、公共服務設施、智慧城市建設。做好重點工程、重大項目建設政策協調服務保障工作。按照規定許可權在城市副中心範圍內行使建設管理領域有關市級審批權和品質監督權。
11.一體化發展協調處。承擔北京市通州區與河北省三河、大廠、香河三縣市一體化高品質發展示範區執行委員會北京方面的綜合協調、政策研究、聯絡服務等工作。
12.人事處。按照規定許可權負責幹部人事、機構編制、隊伍建設、離退休人員服務管理等工作。
13.機關黨委。承擔黨工委落實全面從嚴治黨主體責任的具體工作。負責黨群、紀檢和黨風廉政建設工作。承擔內部審計工作。
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