6月28日，國家衛生健康委員會發佈《新型冠狀病毒肺炎防控方案（第九版）》，將密切接觸者、入境人員隔離管控時間調整為“7天集中隔離醫學觀察＋3天居家健康監測”。在6月28日的國務院聯防聯控機制發佈會上，國家衛生健康委員會疾控局副局長、一級巡視員雷正龍表示，新版防控方案決不是放鬆防控，而是進一步提高疫情防控的科學性、精準性。
新版方案優化調整了風險人員的隔離管理期限和方式。比如將密切接觸者、入境人員隔離管控時間從“14＋7”調整為“7＋3”，核酸檢測措施從“集中隔離醫學觀察第1、4、7、14天核酸檢測，採集鼻咽拭子，解除隔離前雙採雙檢”調整為“集中隔離醫學觀察第1、2、3、5、7天和居家健康監測第3天核酸檢測，採集口咽拭子”等。
中國疾控中心傳防處研究員王麗萍介紹，研究發現，奧密克戎變異株平均潛伏期縮短，多為2至4天；絕大部分都能在7天內檢出來。“新版方案是根據奧密克戎變異株的流行特點對防控措施的進一步優化，不會增加疫情傳播的風險。”
新版方案將兩類風險區域劃定標準和防控措施進行銜接對應，統一使用中高風險區的概念。高風險區實行“足不出戶、到府服務”，連續7天無新增感染者降為中風險區，中風險區連續3天無新增感染者降為低風險區。其他地區對近7天內有高風險區旅居史人員，採取7天集中隔離醫學觀察措施。
中風險區實行“足不出區、錯峰取物”，連續7天無新增感染者降為低風險區。其他地區對近7天內有中風險區旅居史人員，採取7天居家醫學觀察措施。
低風險區指中、高風險區所在縣（市、區、旗）的其他地區，實行“個人防護、避免聚集”。其他地區對近7天內有低風險區旅居史人員，要求3天內完成2次核酸檢測。
新版方案還加密了風險職業人群核酸檢測頻次，將與入境人員、物品、環境直接接觸的人員核酸檢測調整為每天1次，對人員密集、接觸人員頻繁、流動性強的從業人員核酸檢測調整為每週2次。增加抗原檢測作為疫情監測的補充手段，基層醫療衛生機構對可疑患者、疫情處置時對中高風險區人員等可增加抗原檢測。
新版方案還明確了，不同人口規模區域核酸檢測，針對省會城市和千萬級人口以上城市、一般城市、農村地區，綜合疫情發生後感染來源是否明確、是否存在社區傳播風險及傳播鏈是否清晰等因素進行研判，根據風險大小，按照分級分類的原則，確定區域核酸檢測的範圍和頻次。