市政府辦公廳設下列內設機構:
(一)辦公室。負責機關政務及事務管理協調工作。負責市政府辦公廳黨組及領導服務保障工作。負責機關日常運轉工作，承擔文電、會務等工作。承擔市政府辦公廳資訊、信息公開及建議議案提案辦理等工作。承擔重要事項的組織和督查工作。
(二)秘書一至六處。負責市政府有關方面的文電辦理工作。負責市政府有關領導同志會議的組織協調和交辦事項的聯絡服務工作，以及有關事項的督查工作。
(三)機要保密處。負責市政府機關機要文件交換工作。負責文電接收、分辦、運轉、分發工作。負責檔案歸檔、管理、利用工作。負責印鑒管理工作。負責機關保密工作。
(四)值班室(市政府總值班室)。負責指導、監督、檢查市政府系統的值守工作，及時報告重要情況，傳達和督促落實市政府領導同志指示。服務市政府領導指揮處置突發事件等相關工作。負責全市突發事件、城市運作等資訊報送工作。負責協助安排市政府領導同志的重要政務活動。參與全市性重大活動的組織工作。協助安排中央領導同志及其他省區市領導同志來本市的公務活動。
(五)會議處。負責市政府黨組服務保障工作。負責市政府全體會議、市政府常務會議、市政府專題會議的會務工作，以及會議決定事項的督查工作。負責以市政府名義召開會議的組織工作。
(六)資訊一處。負責向國務院辦公廳和市政府報送資訊的工作。負責編印《昨日市情》及領導同志在該刊物上批示的督促辦理工作。負責本市在直接關係群眾生活方面擬辦的重要實事的起草編制工作。
(七)資訊二處。負責市政府領導資訊調研工作。負責涉及北京市網路輿情的蒐集報送工作。負責編印《網路輿情》及領導同志在該刊物上批示的督促辦理工作。
(八)聯絡處。負責聯繫人大、政協有關工作。負責組織協調市政府部門辦理人大代表議案、建議和政協建議案、提案。
(九)調研處。負責市政府辦公廳全局性、綜合性問題調研工作。負責組織本系統重大問題調研工作。負責綜合性文稿的起草工作。負責政府志編纂有關工作。
(十)決策督查處。負責市政府重大決策、重要工作部署(包括重要民生實事項目、政府工作報告重點任務、市長責任書等)落實情況的督促檢查、協調和反饋工作。
(十一)專項督查一處。負責黨中央國務院重要文件、會議精神的貫徹落實的督促檢查、協調和反饋工作。負責市政府主要領導同志批示指示和交辦事項的督促檢查、協調和反饋工作。
(十二)專項督查二處。負責市委市政府重要文件、會議精神貫徹落實工作的督促檢查、協調和反饋工作，以及市政府領導同志批示指示和交辦事項的督促檢查、協調和反饋工作。負責國務院及相關中央單位組織的大督查工作。
決策督查處、專項督查一處、專項督查二處對外可以市政府督查室名義開展工作。
(十三)績效管理辦公室。研究擬訂市級行政機關績效管理的年度考評任務、考評辦法及相關措施並組織實施。負責市級行政機關績效管理工作的日常監督管理，並對工作中存在的問題進行研究，提出相關意見建議。協調指導市級行政機關績效考評等工作。負責研究擬訂區政府績效評價指標體系和考評辦法，組織開展對區政府的績效管理，督促落實績效整改措施。指導各區政府績效管理工作。
(十四)財務處。承擔機關及所屬單位的財務工作。負責部門預決算編制及日常核算管理。組織實施內部審計及財務監督。
(十五)人事處。負責機關及所屬單位的人事管理、機構編制、隊伍建設、教育培訓及外事等工作。
機關黨委。負責機關及所屬單位的黨群工作。
機關紀委。負責機關及所屬單位的紀檢工作和黨風廉政建設工作。
工會。負責機關及所屬單位的工會工作。
離退休幹部處。負責部分離退休市領導以及機關和所屬事業單位離退休人員的管理與服務工作。
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