对已认定的高新技术企业，有关部门在日常管理过程中发现其不符合认定条件的，应以书面形式提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
属于对是否符合《认定办法》第十一条(除(五)款外)、第十七条、第十八条和第十九条情况的企业，按《认定办法》规定办理；属于对是否符合《认定办法》第十一条(五)款产生异议的，应以问题所属年度和前两个会计年度(实际经营不满三年的按实际经营时间计算)的研究开发费用总额与同期销售收入总额之比是否符合《认定办法》第十一条(五)款规定进行复核。